La riqueza natural del conjunto se centra fundamentalmente en la Laguna Chica ya que la Laguna Grande es utilizada con finalidad recreativa por lo que sus características naturales han sido en parte modificadas. En cuanto a la flora y vegetación, destacan las formaciones de praderas subacuáticas de ovas, en la que Chara galioides y Chara hispida son los caró-fitos más abundantes. Los distintos tipos de vegetación marginal, están bien representados y conservados en la laguna Chica y se distribuyen en forma de bandas más o menos extensas; respetando el gradiente de mayor a menor humedad se distinguen sucesivamente los carrizales y espadáñales de Phragmites australis y Typha domingensis, las formaciones de castañuela (Scirpus maritimus), las praderas juncales subhalófilas y halófilas de Juncus gerardi y Juncus subulatus y las praderas graminoides vivaces de grama salada (Aeluropus Httoralis). Otras comunidades presentes y características de estos ambientes salobres son las formaciones halófilas anuales de plantas carnosas y las comunidades nitro-halófilas de plantas anuales rastreras que colonizan los suelos desnudos, los barbechos o se sitúan en los claros que existen entre las matas de almajo dulce (Suaeda vera). Entre todas las especies que se desarrollan en las comunidades antes mencionadas, destacar la presencia de Lythrum ftexuosum, incluida en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas (Decreto 33/1998, de 5 de mayo) en la categoría "de interés especial". IMAGENES VEGETACION citada.
Desde el punto de vista faunístico, las Lagunas de Viliafranca de los Caballeros destacan por la población de aves, fundamentalmente acuáticas, que encuentran en estas lagunas el habitat idóneo para su desarrollo. En los pasos migratorios, las lagunas acogen especies como malvasía cabeciblanca (Oxyura leucocephala) y grulla común (Grus grus) y en época de cría destaca la nidificación de avetorillo {Ixobrychus minutus), avetoro (Botaurus stellaris), calamón (Porphyrio porphyrio), canastera (Glareola pratíncola), fumarel cariblanco (Chlidonias hybridus), fumarel común (Chlidonias niger), polluela chica (Porzana pusilla), porrón pardo (Aythya nyroca) y zampullín cuellinegro (Podiceps nigricollis), entre otras especies, todas ellas incluidas en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas. En cuanto a las rapaces se puede observar por las lagunas al aguilucho lagunero (Circus aeruginosus), aguilucho cenizo (Circus pygargus) y halcón peregrino (Falco peregrinus). Ligadas a las zonas de cultivo del entorno apare cen varias especies esteparias amenazadas, como son avutarda (Otis tarda), sisón (Tetrax tetrax), alcaraván (Burhi-nus oedicnemus) y ganga común (Pte-rocles alchata).
